Wielowątkowość? Zależy z czego korzystasz SWING/FX?
Zakładam, że swingowy?
https://docs.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/components/frame.html
Generalnie ja bym rozpoczynał w oparciu o "wielowątkowość" :) jako osobny wątek.
Z drugiej strony NODE/PARENT -> też jest rozwiązaniem które stosowałem w FX Java - po prostu w sytuacji powołania potomka, "chowasz" rodzica .
Zamyka się całość bo to są te same obiekty, więc najlepiej uruchomic nowe okno w nowym wątku np, lub jako oddzielny obiekt