W tym momencie nic nie zapisujesz do pliku.
Poczytaj trochę o zapisie i odczycie z pliku np. stąd http://cpp0x.pl/kursy/Kurs-C++/Obsluga-plikow/305
Zamiast obiektu cout powinieneś użyć obiektu, który łączysz z plikiem tekstowym, czyli ten o nazwie "plik".
#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <fstream>
using namespace std;
string sin;
string szyfr(string szyfr)
{
getline( cin, szyfr );
for( int z = 0; z < szyfr.length(); z++)
{
cout <<( int ) szyfr[ z ] << " ";}
return szyfr;
}
int main()
{
cout << "Podaj tekst ktory zostanie zamieniony na szyfr: "<<endl;
cout<<szyfr(sin);//to wypisuje w konsoli szyfr
fstream plik;
plik.open("ASCII.txt", ios::out);
plik<<szyfr(sin);//to zapisuje w pliku tekstowym;
plik.close();
return 0;
}
Tak na przyszłość staraj się lepiej formatować kod.