Wydaje mi się, że ten plik jest tworzony przez system i raczej nie masz na to wpływu (NTVDM to jest część systemu Windows, która służy do emulacji MS-DOS - a plik autoexec.bat był właśnie w MS-DOSie stosowany
).
W każdym razie, plik ten nie robi absolutnie niczego. Słowo kluczowe rem oznacza komentarz, czyli tekst ignorowany przez interpreter. Nie musisz sobie więc zaprzątać głowy tym problemem. Ja też lubię porządek, ale nie ma co w zbytni pedantyzm popadać.
P.S. Jeżeli jednak bardzo nie chcesz tego pliku, to zapraszam do przerzucenia się na Linuksa, tam takiego nie ma.
Ogólnie używanie Windowsa i dziwienie się, że coś się dzieje samo wbrew naszej woli...