W konsoli będzie niewygodnie to zrobić, bo rozumiem, że chcesz osiągnąc coś takiego:
4 3 2 1
Sortowanie:
4 3
2 1
3 4 2 1
4 2
3 1
Nie ma cwanego sposobu, trzeba nawalić spacji.
Ewentualnie możesz czyścić konsole po każdym kroku:
Runtime.getRuntime().exec("cls");
razem z s odczekaniem:
Thread.sleep(1000);
po każdym kroku.