Kod JS powinno się umieszczać na końcu body: https://developer.yahoo.com/blogs/ydn/high-performance-sites-rule-6-move-scripts-bottom-7200.html
Wówczas to będzie wyglądać mniej więcej tak:
<div>Treść strony itd.</div>
<script src="jquery.js"></script>
<script src="plugin.js"></script>
<script>//tutaj kod z wywołaniem</script>
Oczywiście jak plugin ma jakiś CSS to będzie on w head