W silex obecnie całą logikę aplikacji pisze w index.php tam gdzie mam routing co raczej jest mało przejrzyste.
Ależ oczywiste, że to nie jest prawda. Pisałem w silexie trochę i wiem, ze jest wymagający względem programisty - wiele rzeczy trzeba sobie samemu przygotować, ale to nie znaczy, że routing powinno się mieć w indexie ;)
Tu nie tutoriale się przydadzą tylko rzetelna wiedza z podstaw obiektowego programowania i doświadczenie, przynajmniej średnie, w programowaniu w nim.
Framework to tylko narzędzie - jeden jest gorszy, drugi lepszy. Powinieneś raczej zająć się czytaniem o wzorcach projektowych oraz praktykowaniem ich wykorzystania.