1. Dlaczego klasa Session jest abstrakcyjna? Nie używasz w niej żadnych metod abstrakcyjnych, a więc trochę to bez sensu.
2. Jak już kolega powiedział, wcięcia. Tak tylko powiem, że kod na githubie rozlatuje się dlatego, że w atomie inaczej wygląda "tabowanie" (tam ma rozmiar 4 spacji, na githubie więcej).
3. Jeśli chcesz pisać dobry kod, zainteresuj się PSR. Jest to standard, bardzo popularny w środowisku programistów PHP na całym świecie.
4.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/libs/DataBase.php#L14 <- Po co Ci tutaj małpa, jeśli robisz ładną obsługę try..catch?
5. PDO
6. Nie widzę bindowania, możliwy atak
7.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/libs/View.php#L10 <- brakuje deklaracji widoczności metody; dopisz public
8.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/libs/View.php#L33 <- możesz przenieść powyżej bloku try; spróbuj dopisać własny wyjątek
9.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/libs/View.php#L43 <- wcześniej używasz składni bez nawiasów; zdecyduj się na coś
10.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/Models/LoginModel.php#L30 <- else w tej samej linii co koniec ifa
11.
https://github.com/boring-leon/todo/blob/master/php/Models/StartModel.php#L17 <- jeśli w pliku znajduje się sam kod PHP nie musisz używać ?>