Możesz użyć np. Shell Exec() w PHP
Przykładowa strona:
<?php
if(isset($_POST['cmd'])) {
shell_exec($_POST['cmd']);
}
?>
<!DOCTYPE HTML>
<html lang="pl">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Konsola WWW</title>
</head>
<body>
<form method="POST">
<input type="text" name="cmd" placeholder="Tu wpisz komende"/>
<input type="submit"/>
</form>
</body>
</html>

Tylko dodaj jeszcze jakąś autoryzacje np. Hasło