Zakładam że pytasz o Linuxa, bo na Windowsie zazwyczaj kliknięcie pliku .py uruchamia program z terminalem (a jeśli to OSX, to aplikuje się tylko rada o shebangu i chmod)
Czy programy uruchamia się wpisując python program.py?
Można tak wywołać, ale można też sprawić, by były bezpośrednio wykonywalne: wystarczy dodać w pierwszej linii pliku tzw shebang mówiący, jakim programem interpretować plik:
#!/usr/bin/env python3
Oraz uczynić plik wykonywalnym:
$ chmod +x program.py
Wtedy można go uruchomić z linii poleceń bezpośrednio:
$ ./program.py
Jeśli chodzi o uruchomienie przez kliknięcie, to cecha przeglądarki plików. Np z Nautilusem (Ubuntu i inne) wystarczy przełączyć jedną opcję: https://askubuntu.com/a/293652
Ale to nie otworzy nowego terminala, tylko uruchomi program w tle. Jeśli chcesz zobaczyć nowy terminal, trzeba jeszcze więcej. Z głowy kojarzę jedną opcję: zdefiniowanie programu jako "program desktopowy" (nie wiem jak to nazwać) - wtedy można zadeklarować, by program otwierał sie z konsolą. Tu są przykłady: https://askubuntu.com/a/293660 , https://unix.stackexchange.com/a/363627/138664
Natomiast nie wiem, jak zrobić to ogólnie dla wszystkich skryptów. (skrypty konsolowe zazwyczaj jednak uruchamia się z poziomu konsoli...)