CI daje Ci tylko możliwości. Prawie nic na Tobie nie wymusza. Jeżeli wolisz pisać formularze w standardowy sposób (czyli <form></form>) to nie widzę żadnych przeszkód. Sam tak piszę i działa :P
Kontroler/metoda - to jest routing przyjety w zdecydowanej wiekszości wszystkich frameworków ogólnie (nie tylko tych do php). Przesyłasz do konkretnej metody, ale jak nie wpiszesz żadnej metody to chyba domyślnie przesyła do metody index. Ale zalecam przesyłanie do konkretnych metod, bo niekiedy będziesz miał potrzebę do jednego kontrolera przesłać kilka formularzy. Ogólnie nic nie stoi na przeszkodzie byś w danej metodzie wykonywał inne metody z tego kontrolera.
Z PDO możesz dalej korzystać. Ja wole funkcje CI do komunikacji z bazą danych, ale jeżeli Ty wolisz PDO to nie widze przeszkód.
Propo MVC to w skórcie jest tak jak piszesz. W praktyce np na systemie rejestracji to ja robię tak. W Widoku piszę formularz i wysyłam do funkcji w kontrolerze. Kontroler przekazuje dane z formularza do modelu, gdzie sprawdzam czy nie ma niebezpiecznych znaków, waliduję wszystkie pola formularza i jak sie wszystko zgadza to wysyłam do bazy danych zapytanie. I potem z modelu zwracam jakąś informację do kontrolera, który przekazuje tą informację o zalogowanym użytkowniku do widoku (wyskakuje okienko o sukcesie/porażce). Ogólnie jak najwięcej zrzucam na model, chociaż nie raz mam pokusę by jakąś logikę biznesową implementować w kontrolerze.