Są gotowe biblioteki do tworzenia i zarządzania aplikacjami w konkretnym systemie operacyjnym. Jeśli chodzi o C++, to pod Windowsem możesz używać Windows API oraz MFC (obiektowa wersja WinAPI). W Linuksie natomiast Qt, GTK+ lub wxWidgets, które również działają pod systemem od Microsoftu, gdyż są multiplatformowe.
Te biblioteki powinny sprostać wszystkim twoim oczekiwaniom, czyli dzięki nim stworzysz GUI aplikacji, obsłużysz schowek, czy wyświetlisz notyfikacje.
Najaktualniejsze informacje na temat tych narzędzi znajdziesz u źródła, czyli na stronach internetowych deweloperów. Ewentualnie wpisanie frazy po angielsku w wyszukiwarkę powinno szybko załatwić sprawę (gdy nie rozumiesz dokumentacji lub nie chce ci się jej przeglądać).
PS
tworzenie aplikacji ze skrótem w menu
Takie rzeczy nie zależą od kodu, są od tego specjalne foldery systemowe.