Jak zdefiniujesz co oznacza dla Ciebie "zwykły 32 bitowy linux", to będzie można precyzyjnie odpowiedzieć.
Jeśli oznacza on architekturę x86, to bezpośrednio programu nie uruchomisz bo to Inna architektura. Jeśli się upierasz, możesz to zrobić przez warstwę wirtualizacji (nieco perwersyjne ale kto Ci zabroni). Np. Qemu.
Jeśli masz źródła programu, skompiluj go do docelowej architektury (dla Raspberry PI 3 to ARM).
Jest też pytanie o programie w jakiej technologii mówisz. Programy w języku Java lub skrypty np. w Pythonie z dużym prawdopodobieństwem uruchomisz i na Raspberry PI 3.