dobra, a jak ustawienia MySQL? Spróbuj MariaDB jeśli możesz. Przypominam że korzystanie z zdalnej bazy danych naraża cię na atak...
(Kup serwer na arubacloud, ovh, czymkolwiek, zostaw domyslne haslo na ssh - do 6 znaków i poczekaj.... 3 dni...)
Poza tym porty nie muszą być domyślne, może ufw jako firewall? MariaDB domyślnie akceptuje tylko localhost. W ogóle to ile ramu jest na maszynie z bazą SQL?
I weź wywal Apache, nginx nie obciąża tak serwera, a w szczególności budżetowego.
Nadal nie mogę pojąć po co ci Apache + MySQL skoro chcesz korzystać z samego MySQL. Próbowałeś bez apache? może ten kombajnik robi za wiele szumu?