Skrypt PHP wykonuje się na serwerze, następni wysyłasz odpowiedź do klienta i tutaj po trafieniu na skrypt JS zostanie on wykonany. Tak więc w praktyce jest właśnie tak jak piszesz :)
Jest to pewne uproszczenie paru kwestii ale nie ma to teraz większego znaczenia. Generalnie PHP = serwer, JS = klient... no chyba, że node.js to JS w obu miejscach, ale także niezależnie od siebie.