Ajax generalnie działa w pewnym uproszczeniu tak, że Ty z poziomu klienta wyślesz jakieś dane na serwer (value inputa itp.) np. w formacie JSON. Następnie na serwerze po prostu przyjmujesz te dane, odpowiednio parsujesz np. JSON do tablicy czy obiektu i "coś z tym robisz". Tym czymś może być również oczywiście modyfikacja plików znajdujących się na serwerze, to już nie ma znaczenia co zrobisz. Następnie możesz odesłać jakąś informację zwrotną do klienta i w zależności od niej np. wywołać jakąś akcję. To tak z grubsza, sama modyfikacja plików na serwerze nie ma nic wspólnego z Ajax i jest to oddzielne zagadnienie.