Wszyscy dają Tobie złe odpowiedzi.
Z Twojego problemu wynika, że używasz samego Spring Framework bez Boot. Dlatego wymagane jest od Ciebie zarejestrowanie źródła do adresu miejsca przechowywania pliku JS/CSS. Wystarczy kilka prostych linijek w konfiguracji i Twoja strona będzie w stanie odczytać plik JS/CSS. Konfiguracja.
http://fruzenshtein.com/spring-mvc-resources/
Po drugie Twój plik JS jest na 100% źle podlinkowany. Jeśli używasz samego Spring, to początek adresu powinien zaczynać się od "resources", bo najpewniej tam trzymasz pliki, np. "<script th:src="@{/resources/bootstrap/js/bootstrap.min.js}"></script>". W Spring Boot zamiast "resources" jest "static".
Co znaczy, że CSS nie działa? Nie widzę, abyś w podanym kodzie ustawiał jakieś CSS wewnętrzne lub lokalne. Dodatkowo plik CSS ciągnięty z adresu URL nie ma prawa w tym przypadku nie działać. Użyj dowolnego elementu z Bootstrap, a zobaczysz, że wszystko jest w porządku.