Miałem podobny błąd w grze 2D ( postać zahaczała się o ściany i o podłogę tak jakby miała nierówne kolizje ) i po wielu przeprowadzonych testach stwierdzam, że to po prostu błąd. Nie zgłosiłem tego na githubie bo wydaję mi się, że twórcy zdają sobie sprawę z tego błędu. Z tego co się orientuje Godot ma przejść na jakiś nowy silnik fizyki w 3D i być może tam już nie będzie z tym problemu. Polecam do tego czasu przejść na KinematicBody lub zmienić kształt kolizji na jakiś bardziej okrągły (może wtedy postać nie będzie się zahaczać)