kolumny 4,5 i 6 mają margin-top:100px; a wraz ze zmianą rozdzielczości nic z nimi nie robisz dlatego odległość pozostaje taka sama. Co do jakości kodu nie będę oceniał ponieważ sam, jak na razie, zrobiłem zaledwie dwie strony w których sam napisałem responsywność, później przeszedłem na Bootstrapa, co prawda wyszły dobrze ale idealnie nie jest :)