Dla uściślenia: w gruncie rzeczy podano Ci tak naprawdę jedno rozwiązanie. Cordova i phonegap wywodzą się z tego samego kodu. Dlaczego zatem są dwa oddzielne projekty?
Sytuacja jest bardzo podobna do sytuacji z Chrome i Chromium. Chromium to projekt o otwartym kodzie źródłowym, dostępny dla wszystkich zainteresowanych (stąd mamy wysyp projektów na Blinku - choćby Operę czy Electrona, silnik edytora Atom). Chrome to już produkt o zamkniętym kodzie źródłowym, oparty na chromium, ale dodający kilka rzeczy, które objęte są patentami należącymi do Google (jak np. kodeki do H.264).
Tak samo jest z Cordovą i PhoneGap. Cordova została przekazana przez Adobe fundacji Apache, by projekt ten był rozwijany przez comunity. Natomiast PhoneGap opiera się na Cordovie, ale dodaje usługi typowe dla Adobe (jak np. dostęp do chmury) oraz znak towarowy do samej nazwy.