Nie znam nikogo, kto w pierwszej chwili zrozumiał MVC, czy OOP, każdy musi trochę nad tym posiedzieć. Taki tutorial nie jest najlepszym pomysłem na zrozumienie tego. Najlepszym pomysłem będzie rzucić się na głęboką wodę.
Weź jakiegoś frameworka, np. Laravel (bo jest dość prosty na początek) i napisz w nim coś większego (jakiś system zarządzania czymkolwiek), a z czasem wszystko zaczniesz powoli rozumieć. We frameworku podstawowe rzeczy masz już gotowe i nie musisz tworzyć np. klas abstrakcyjnych modelu, kontrolera itd. Nie przejmuj się na początku, że nie rozumiesz do końca niektórych rzeczy, albo skąd się coś bierze. Postaraj się napisać coś co działa i stopniowo badaj, dlaczego działa .
Potem jak już zaczniesz ogarniać, to dobrze jest sobie wziąć taki tutorial jak podałeś i przeanalizować go, wtedy będziesz wiedział co się dzieje pod spodem.