Według mnie najlepiej wyrażeniem regularnym, w notepad++ daj ctrl+H do okna wyszukana i podmiany tekstu, następnie w polu szukany tekst wpisujesz regexp i na dole zaznaczasz "wyrażenia regularne". Możesz sobie wtedy też ładnie analizować kolejne dopasowania i w razie czego poprawiać.
Napisz tylko dokładnie co na co chcesz zmienić, to znaczy daj jakiś konkretny przykład "tekst pierwotny" + "test po zmianie" to pomożemy stworzyć regexp.
Myślę, że moglibyśmy tutaj wyszukać tagi <a> i </a> i dopasować tekst pomiędzy nimi.
Jeśli chcesz zamienić <li><a ... >COS</a></li> na <li>COS<a ...></a></li> (tak wynika z Twojego opisu) to może to zrobić np. wzorzec:
szukany tekst: <li>(<a.*?>)(.+)<\/a><\/li>
zamień na: <li>$2$1<\/a><\/li>
tylko napisz czy na pewno o to Ci chodzi, czy jakaś inna zmiana? Aha, i pamiętaj o włączeniu "wyrażenia regularne" na dole okna szukaj/zamień!