Ponieważ system linux jest inaczej zbudowany i musisz na ten i na ten osobno kompilować. (musisz zmieniać kod)
Jeśli nie chcesz zmieniać kodu i programować "podwójnie" może cie zainteresuje jakiś język programowania wysokiego poziomu. np. Java, Python (a nawet C# jeśli zainstalujesz "mono")