W jenkinsie masz typ jobów 'pipeline' możesz tam pisać całą logikę samemu. W pipelinie używa się składni języka groovy,a dzięki temu można wykonywać polecenia np. powershell na Windowsie lub bash na Linuxie, co pozwoli w komfortowy sposób odpalać konkretne skrypty, lub jakąś logikę.
Przykład:
bat "powershell \"Write-Host 'Test' \" "