Padding jest najprostszym rozwiązaniem, ale jeśli nie wchodzi w grę to musiałbyś się pobawić Javascriptem i zrobić np. autoukrywanie navbaru, gdy scroll idzie w dół lub cofnąć scroll o te 60px za każdym razem, gdy użyty jest link z kotwicą.
A może masz możliwość po prostu przenieść kotwice z sekcji na jakieś nagłówki, które mogą mieć padding?