Jeśli to początek nauki to proponuję takie robocze rozróżnienie:
JS = front-end, czyli użytkownik (przeglądarka)
PHP = back-end, czyli serwer.
Na przykład robisz formularz kontaktowy, to w JS warto zrobić jakąś prostą walidację i np. zabezpieczyć się, że jeśli user nie wypełni wskazanych pól to nie puścisz na serwer submita (poczytaj o preventDefault()). Walidację JS można zmienić poprzez ingerencję z skrypt, ale tutaj służy to wyłącznie eleganckiemu obsłużeniu ewentualnych błędów usera, np. gdy nie poda emaila to daj ładne info o jego braku. Gdy wsio jest oki to robisz sumbit i wchodzisz w PHP. Tutaj robisz właściwą walidację (zawsze o tym pamiętaj pobierając dane od usera) i następnie np. dodajesz coś do bazy, wysyłasz e-maila itp.
Co do ciasteczek to wszystko zależy w jakim celu je tworzysz. Poczytaj sobie również np. o localStorage vs cookies. API localStorage jest bardzo proste dlatego polecam to już na początku nauki, żebyś ograniczał cookies i nie nadużywał ich.
Zrób sobie z 1-2 stronki np. coś w stylu wizytówki firmowej + formularz kontaktowych z ajax, pobaw się animacjami (CSS, CSS+JS) itp. Myślę, że po 1-2 stronkach sam już odpowiesz sobie na Twoje pytanie :)
A z biegiem czasu pewnie wejdziesz w React czy Angular, a może i node.js i przekonasz się, że JS to potężne "narzędzie" :)