Jeśli nie piszesz czegoś w stylu bootloadera, drivera lub czegoś podobnego, to tak jak każdy inny program.
Kompilator nie produkuje kodu maszynowego, lecz właśnie kod asemblera i dopiero on jest tłumaczony na kod maszynowy a następnie linkowany, więc nie może być różnic w uruchamianiu takich programów.