Problem jest w twojej funkcji JS, musisz odjąć wysokość swojego górnego nava na scrollTop, poprawiony JS poniżej:
$(document).ready(function() {
$('a[href^="#"]').on('click', function(event) {
var target = $($(this).attr('href'));
if (target.length) {
event.preventDefault();
$('html, body').animate({
scrollTop: target.offset().top - 78
}, 1000);
}
});
});
</script>