Polecam najpierw pobawić się np. z tą książką. Prowadzi ona krok po kroku jak stworzyć małą aplikację. Albo oczywiście każda inna, wprowadzająca w PHP i MySQL na jakimś większym przykładzie.
Gdy to opanujesz to poczytaj o szablonach, pn. Twig, Smarty itp. ale najpierw sam PHP/MySQL, nie wszystko na raz.
Otóż poznałem składnię co i jak HTML, CSS , JS, PHP, MySQL
Składnia to 1% tego co faktycznie musisz znać :) Trzeba wiedzieć jak i gdzie co użyć itp. A tak na marginesie to składni MySQL na pewno nie poznałeś, jeśli nie robiłeś bardziej złożonych selectów, nie mówiąc już o samej pracy bezpośrednio na bazie :)
Podsumowując tak jak pisałem, najpierw zrób coś w PHP/MySQL będąc prowadzony w pewnym sensie za rękę, a dopiero potem przejdź "na swoje" :) Są też kursy online, ale nie wiem na ile są one doprowadzone faktycznie do końca, w przypadku książek jest to pewniejsze.
Nie sugeruj się też tym, że książki są stare itp. itd. Podana przeze mnie uczy PDO do MySQL więc nie będziesz miał problemu. A gdy opanujesz już dobre podstawy to sam zaczniesz wyłapywać z książek/blogów/kursów co jest nieco przestarzałe, a co oki.