z tego co opisujesz to rozumiem, że chcesz aby skrypt1 działał cały czas (np w pętli), co jakiś czas sprawdzał czas i jeśli czas będzie x to wywołaj skrypt2. bez sensu bo nie potrzebnie zajmuje 1 wątek skrypt1.
Wszystko zależy od tego co chcesz osiągnąć ale aby w skrypcie1 wywołać skrypt2 możesz w skrypcie1
from subprocess import Popen, PIPE
def run(cmd):
p = Popen(cmd, shell=True, stdout=PIPE)
out, err = p.communicate()
return (p.returncode, out, err)
#np
run('python /sciezka/do/skrypt2.py')
jeśli zadzieje się to coś, o czym myślisz:)
tak jak Jedras napisał, najlepiej użyć crona lub scheduler jesli to win