możesz skopiować dane z pdf dane z exela do pliku tekstowego i napisać program który będzie brał każda pozycje z pdf i skanował cały plik z exelem szukając jej np po numerze jakimś albo po cenie lub po czym tam chcesz i sprawdzał komórki
jak znajdzie błąd to zapisz cały wiersz z pdf i exela w osobnym pliku raport oraz jakiś znacznik jakie pozycje się różnią
i wystarczy potem sobie zobaczyć raport
ewentualnie jeżeli wiesz że pdf jest na 100% prawidłowy to jak znajdzie błąd to może ci w po prosu ta dane z exela zmienić ale bezpieczniej raczej raporty i sam będziesz oceniał.
napisanie takiego programu nie jest skomplikowane można na podstawie kursu c++ z bloga
http://miroslawzelent.pl/kurs-c++/