Przewagą oraz... klątwą wxWidgets w stosuku do Qt, jest natywność. Na każdym wspieranym systemie aplikacja będzie wyglądać jak oryginalnie dla tego systemu stworzona. Na Windowsie XP będzie korzystać z Luny, na Windows 7 z Aero, na Linuksach to już zależy: przeważnie z GTK, aczkolwiek ma również wsparcie dla X11 (nie jestem pewny, musiałbym zajrzeć do manuala). To sprawia, że użytkownik danej aplikacji czuje się swojsko z taką aplikacją - nie odstaje ona od reszty jego ulubionego systemu.
Inaczej sprawa ma się z Qt - tam mamy emulację kontrolek (co nie umniejsza tej bibliotece), przez co na każdym ze wspieranych systemów będzie wyglądać bardzo podobnie.
Co jest wadą natywnych kontrolek...? Ano... Ich standardowy wygląd. Trochę wieje nudą, jak programista się nie postara. ;) Ale bardzo dużo świetnych aplikacji otwartoźródłowych stoi na wxW: np. FileZilla, Code::Blocks, czy Audacity.
Mi się nie spodobała w Qt licencja. Nie lubię jak mi ktoś narzuca ograniczenia. No i czytałem, że kod pisany pod Qt trzeba najpierw przepuścić przez jakiś ichni parser, ale nie wiem, ile w tym prawdy. :P