To nie konfiguracja pulpitu, tylko katalogu.
Nie jest to jakiś krytyczny plik i możesz go usunąć, ale Windows i tak automatycznie będzie go tworzył. Przechowywane są tam ustawienia, czy parametry dotyczące danego folderu - na przykład jest tam przechowywana informacja, jaką ikonę folder posiada, albo czy folder może być udostępniony (nie wiem, czy to jeszcze działa na Windows 10).