Jeden kij. Rób jak Ci wygodniej - byleby konsekwentnie.
Chociaż raczej częściej będzie się spotykać mq po każdej sekcji, a to z prostej przyczyny: obecnie większość CSS jest modularna i tworzona przy pomocy preprocesorów (LESS, Sass, Stylus, Absurd.js, Rework i inne). Z tego powodu każdy element strony jest całkowicie samodzielny i w oddzielnym pliku (np. moduł przycisków). Dopiero przy przetwarzaniu na CSS wszystkie te pliki są łączone, stąd mq po każdej sekcji.