1. Znak większości w CSS to tzw. selektor dziecka, odnosi się do bezpośredniego potomka danego elementu. U Ciebie oznacza to, że wszystkim elementom a znajdującym się bezpośrednio w kolejności pod li, które te li znajdują się się bezpośrednio w kolejności pod znacznikiem nav zostanie ustawiony kolor w trakcie najechania kursora. Bezpośrednio, to znaczy, że nie ma innych znaczników pomiędzy nimi, tylko następują kolejno w hierarchii po sobie. Jak niżej:
<div class="nav">
<li><a href="#">Text 1</a></li>
<li><a href="#">Text 2</a></li>
<li><a href="#">Text 3</a></li>
</div>
Jednak nazwę nav polecam zarezerwować jako znacznik semantyczny w HTML5: Mirosław Zelent - Znaczniki HTML5.
Nie bardzo rozumiem o co chodzi z klasą .nav-pills, o której piszesz nie mając pełnego kodu. Gwoli wyjaśnienia wewnątrz znaczników w class możesz umieszczać kilka cssowych klas rozdzielając je spacją. Zauważ jednak, że polecenie color zmieni Ci kolor czcionki, a nie tła.
2. W CSS, wewnątrz hover możesz umieścić:
.nazwa-klasy:hover {
opacity: 0.5;
filter: alpha(opacity=50); /* For IE8 and earlier */
}
Atrybut opacity spowoduje dodanie przeźroczystości, której wartość możesz zmienić.
3. Awaryjnie możesz sprawdzić metodą inline albo F12 [Chrome] lub CTRL+SHIFT+C [Opera] w przeglądarce, czy faktycznie chodzi o kolor navbaru, dlatego że zmiana w CSS powinna przysłonić domyślne zachowanie, zobacz jednak w jaki sposób dołączasz arkusze styli. Spraw, aby najpierw pojawił się Bootstrap, a dopiero później Twój arkusz (ten w którym przesłaniasz atrybuty).