Najprościej można zrobić to za pomocą dwóch tabel. Jedna tabela reprezentuje użytkownika, a druga wiadomość, z tym, że w drugiej tabeli rozróżniasz odbiorcę i nadawcę wiadomości żeby np. użytkownik, który wysyła wiadomość miał ją w folderze "wysłane", a drugi w "odebrane". Wszystko oczywiście jest do rozbudowania, w zależności od Twoich potrzeb.