To znaczy, że część poleceń jest wkompilowanych w powłokę interpretera w którym pracujesz. Interpreter to program i sam posiada kilka poleceń. Reszta której nie może znaleźć jest szukana np w katalogu /bin
Czy program należy do powłoki czy jest zewnętrzny sprawdź poleceniem whereis.
$ whereis cd
$ whereis cat