dokładnie tak, jak ProgramistaStepek napisał.
Musisz użyć event delegation. Dodaj sobie wcześniej jakąś klasę do tego, co chcesz chwycić, np 'checkbox' i coś w tym stylu powinno pomóc:
const box = document.querySelector('#box');
box.addEventListener('click', function(e) {
if(e.target.className === "checkbox") {
alert('yesss!');
};
ewentualnie jakbyś tworzył elementy za pomocą document.createElement('input') a później dodawał im osobno klasę to w takim przypadku chyba zwyczajnie można je później złapać za pomocą np querySelector('nazwa-klasy') ;)