Opróżnianie kosza to tak naprawdę zwyczajne usunięcie katalogu - pliki, które usuwasz są przenoszone do folderu $Recycle.Bin znajdującego się na partycji, na której dany plik się znajdował.
...czyli zwyczajnie usuwasz ten katalog lub jego zawartość:
rd /s C:\$Recycle.Bin
Możesz dodatkowo użyć parametru /q.