Miałem dokładnie tak samo. Niby rozumiałem na czym polega wzorzec MVC, rozumiałem to, ale nie potrafiłem nic napisać. Podchodziłem do tego kilka razy, szukałem na forach, ale dopiero dzięki temu tutkowi ogarnąłem to wszystko w końcu. Już nie wnikajmy, że tutek trochę stary, ale MVC da się dzięki niemu zrozumieć, napisać swój własny framework PHP, poczytać o PHP Standards Recommendations, a następnie ew. przesiąść się na jakiś prawdziwy framework... A to co zyskasz, to wiedzę jak to wszystko działa od środka...
https://www.youtube.com/watch?v=Aw28-krO7ZM&list=PL7A20112CF84B2229
Swoją drogą, podobny temat już był...
https://forum.pasja-informatyki.pl/36186/pomoc-w-zrozumieniu-wzorca-mvc-w-jezyku-php