Pytanie co chcesz osiągnąć przez takie tworzenie div? Jeśli chodzi o kwestie wizualizacji jakiś graficznych "kwadratów" to dlaczego w ogólne na div'ach? Polecałbym raczej pomyśleć o canvas, ewentualnie svg (zależy co potem chcesz z tym robić).
A jeśli już koniecznie div to możesz ewentualnie stworzyć tylko kilka div (tyle ile potrzebujesz) i dla elementu nadrzędnego dać position: relative, a dla tych "małych" position: absolute i odpowiednio bawić się pozycjonowaniem (top, left, right, bottom).
A i jeszcze jedno... jeśli chcesz już bawić się na div to zapewne będziesz im nadawał background-color i być może też border. Jeśli tak to wyguglaj sobie hasło box-sizing: border-box (jest sporo o tym w sieci więc nie będę tutaj wszystkiego omawiał).
Pozdrawiam