Na końcu każdej linii umieszczony jest znak końca linii. Dla Linuxa jest to zazwyczaj \n, dla Windowsa \r\n.
Linia
#include <iostream>
tak naprawdę wygląda w ten sposób
#include <iostream>\n
Jeśli wyświetlasz w PHP zmienną zawierającą wczytany kod za pomocą:
echo $_POST["kod"];
to wynik jest taki jak napisałeś.
Jeśli chcesz żeby znaki końca linii były wyświetlane musisz użyć funkcji n2br, czyli
echo nl2br($_POST["kod"]);
Funkcja ta zamienia znaki \n lub \r\n na znacznik HTML <br>