Jesteś pewien że chcesz zaciemniać kod Python'a? py2exe (lub inne podobne projekty) nie wystarczą?
No dobrze.. jeśli jesteś pewien to:
https://liftoff.github.io/pyminifier/ Można ew. stosować techniki odszyfrowania w locie po podaniu klucza lub pobrania go z pliku licencji. Jeszcze innym podejściem jest stosowanie innych interpreterów języka (pypy, IronPython czy Jython) i stosowanie technik obfuskacji dla danych platform (.NET czy JVM).
To nie jest dobry pomysł przetrzymywać hasła i loginy zapisane otwartym tekstem w pliku. Niezbędne minimum to wykonanie z nich odcisków funkcją skrótu i trzymanie w tej postaci.