Tworzysz w tabeli z użytkownikami dwie kolumny, pierwsza przechowuje aktualny czas serwera, druga czas ten powiększony np. o 5 minut, obie kolumny aktualizujesz z każdą wizytą użytkownika. Potem sprawdzasz, czy czas serwera jest większy niż czas ten powiększony o 5 minut - jeśli tak, użytkownik jest nieaktywny.
EDIT: Zapomniałem dodać, co jest dość ważne, że pierwszą kolumnę aktualizujesz dla wszystkich użytkowników, drugą tylko dla użytkownika, który jest aktualnie zalogowany i przebywa na stronie.