Zarówno sam node jak i npm to nic innego niż pliki binarne, które są możliwe do wywołania przez CLI (command line interface), przyjmują argumenty, robią jakieś bardziej bądź mniej skomplikowane rzeczy i czasami rzucają output. Np. wywołanie komendy node powoduje uruchomienie REPL, a npm init uruchomi inicjalizację konfiguracji dla projektu. Konsola node.js to z tego co pamiętam bezpośrednio otwiera konsolę z REPL'em. Komendami powinieneś się posługiwać za pomocą CMD/PowerShella jeśli siedzisz na Windowsie i shella jeśli na unixie.