Wynika to najprawdopodobniej z tego, że wartości twoich CSS'ów są cacheowane i zamiast wczytać nowy, przeglądarka, lub apache korzysta z pamięci podręcznej. Upewnij się że wszystkie style są poprawnie zdeklarowane i wszystko działa. Zbadaj element i sprawdź, czy żadna linijka z css'em nie jest wykreślona. Jeśli wszystko dobrze działa, a zmian dalej nie ma, to załącz style tak:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css?v=1" />
Po każdej zmianie v w wartości href zastąp jakąś inną.