To bez znaczenia, na którym dysku zainstalujesz Windowsa/Linuxa. Ważne jest, abyś zainstalował GRUB na dysku, który jest w BIOS pierwszym urządzeniem bootującym - to może być nawet pendrive, bez znaczenia. Dlaczego tak jest - bo GRUB ma wpisy, gdyby to przetłumaczyć na ludzki język, typu: "bootloader Windows jest na dysku numer 1, partycji numer 3", czyli coś w rodzaju adresu bezwzględnego.
Sugerowałbym też zainstalować Linuxa na SSD - bo dlaczego nie? HDD zostaw sobie na dane i programy, z których rzadziej korzystasz.
Linux obsługuje system plików NTFS, natomiast Windows nie obsługuje partycji Linuxowych, np. ext4. Czyli w Linuxe będziesz miał dostęp do partycji Windowsowych, ale z Windowsa nie dostaniesz się do partycji Linuxowych.
Do zabawy z wyglądem GRUB polecam grub customizer. Zmiana domyślnie zaznaczonego systemu przy starcie to zmiana parametru GRUB_DEFAULT=x (x to numer pozycji na liście w GRUB) w /etc/default/grub. Po tej operacji oczywiście odpalasz update-grub.