Czyli chcesz żeby elementy na głównym divie nie pokazywały się pod menu tylko zaczynały się tuż obok.
No to tak jeżeli strona ma się przewijać a menu nie ruszać to musisz dodać do <nav> (którego tam nie ma - popraw to) dodać pozycję fixed. Ustawić height: 100%; left: 0; top: 0; bottom: 0;
W tym momencie menu będzie statycznie, tak jak masz na swojej strony, teraz przewijać się będzie tylko prawa strona(główny element strony).
Jeżeli chodzi o to żeby elementy nie pokazywały się pod menu tylko od prawej krawędzi menu to dla głównego diva (powinien być main) ustaw padding-left: 50px; (szerokość menu). i będzie ok. Pamiętaj tylko że nav nie może być w <main>. Poczytaj trochę o znacznikach HTML'a 5. Bo zauważyłem że ich nie używasz.