Nie zainstalowałeś Django w Twoim virtualenvie. Musisz aktywować virtualenv:
`source <nazwa_virtualenva>/bin/activate`
A następnie zainstalować paczki: `pip install django`
`pip freeze` listuje zainstalowane paczki w danym środowisku. Jeżeli poprawnie zainstalujesz, to powinno tam być:
Django==1.10.4 (Czy jakakolwiek inna wersja)