Z php mogę polecić Ci PHP. Wzorce projektowe autorstwa William'a Sanders'a.
http://helion.pl/ksiazki/php-wzorce-projektowe-william-sanders,phpwzo.htm#format/e
Również Php, obiekty, wzorce, narzędzia od Matt'a Zandstra'y (Wydanie IV).
http://helion.pl/ksiazki/php-obiekty-wzorce-narzedzia-wydanie-iv-matt-zandstra,phpob4.htm
Tylko, bardzo ważna notka:
To retweet myself (sorry) - the POPP edition 5 draft is done - target publication end of year.
https://twitter.com/getInstance_mz/status/780163014616092672
Więc, na Twoim miejscu, wyczekałbym do końca tego roku. ~ O ile autor zmieści się w podanym przez siebie czasie.
Co do HTML i CSS - Tutaj z książek nie korzystam. O ile chcesz pójść w front-end to:
https://www.w3.org/
https://developer.mozilla.org/pl/
http://tutorials.comandeer.pl/html5-blog.html
http://www.kurshtml.edu.pl/html/zielony.html
Oraz blogi ludzi zajmujących się tą działką.
MySQL - Raczej o SQL... SQL zaniedbałem na rzecz solidnej nauki OOP. Więc się nie wypowiem.
Czy warto kupić książkę Comandeera o JS?
Przejrzyj spis treści. Ja się nie zawiodłem.
Nr. 1 w liście bestsellerów coś jednak znaczy. 
Przyznam, że pierwszy raz tak dobrze czytało mi się książkę stricte programistyczną. W dodatku z kodem źródłowym, który nie jest moją działką! Czapki z głów.
Gdy przysiądę z JS'em na poważniej, na pewno przeczytam ponownie - dla przypomnienia.
I to raczej wszystko.