Kod źródłowy możesz napisać na każdym systemie, ale w przypadku aplikacji kompilowanych do systemowego typu pliku wykonywalnego (Windows - PE, Linux - ELF). Trzeba posiadać kompilator, który skompiluje kod pod Windowsa, raczej do kompilacji musiałbyś użyć maszyny z Windows.
Warto również zaznaczyć, że musisz korzystać z bibliotek dostępnych w obu systemach. Oczywiście ty też możesz stworzyć taką bibliotekę!
Masz jeszcze pytania ? Pisz!